内科は 島内外からの紹介患者や検診センターからの紹介があります。また、内科全般の救急患者にも24時間対応しています。
消化器班では、食道、胃、小腸、大腸の疾患のほか肝臓、膵臓、胆嚢さらに腹膜疾患など広い領域の病気を扱っています。
循環器班では、狭心症、心筋梗塞などの虚血性心疾患の診断、治療、心不全の治療、不整脈の診断、治療、心臓弁膜症の診断と手術適応の決定です。
呼吸器班では、咳、痰、胸痛、血痰、胸部異常陰などで受診された患者さんに対し、レントゲンやCT,気管支ファイバーなどで肺癌、肺炎、喘息、肺気腫、呼吸不全、肺結核などの診断をつけ治療を行っています。
腎臓糖尿病班では、腎炎（急性、慢性）、ネフローゼ症候群、腎不全（急性、慢性）、糖尿病性腎症などの疾患を対象としています。 透析室には、１５台の血液透析装置（内２台は個室）を有しております。
血液班では、鉄欠乏性貧血から白血病などの悪性疾患まで幅広く診療しています。 成人T細胞白血病、悪性リンパ腫や多発性骨髄腫などの腫瘍性疾患や再生不良性貧血、特発性血小板減少性紫斑病などの難治性疾患の患者さんが入院され、抗癌剤治療や免疫抑制療法、モノクロナール抗体療法など最新の治療が行われています。

当院の外科は主に、消化器外科（胃、大腸、肝胆膵）、内分泌外科（乳腺、甲状腺）、胸部外科を扱っています。 脳外科や心臓血管外科は国立長崎医療センターや長崎大学との間に搬送システムができており。必要に応じて紹介しています。
手術は、胃や大腸の癌、肝胆膵疾患、ヘルニア、乳癌等です。 最近の手術の特徴としては大腸癌の手術が増えてきています。また、良性疾患としての胆石症には、手術侵襲の少ない腹腔鏡下手術が標準術式となっています。
今後も五島地区の中核病院の外科として、癌などの悪性疾患はもとより、消化管穿孔やイレウスなどの救急疾患に対する手術など、開業医の先生方との連携を深めながらさらに充実させたいと考えています。

整形外科とは、上肢・下肢・脊椎といった運動器を専門に扱う外科で、対象となる組織は骨・関節・靱帯・筋肉・腱・神経・血管・皮膚と多岐にわたります。具体的には四肢・脊椎の外傷、スポーツ障害、リウマチ性疾患、変性疾患、腫瘍などがあります。Xp・CT・MRI・骨密度測定器・超音波などで診断し、治療を行っております。

泌尿器科は、簡単にいうと“おしっこ”に関わる臓器についての診療科です。 “おしっこ”が出にくい、漏れる、近い、しみる、血が混じるなどの病気（例えば、膀胱炎、前立腺肥大、前立腺炎、頻尿、尿失禁など）から“おしっこ”の通り道にできる癌（腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌）の治療まで行っています。 膀胱鏡や画像にて診断後、くすりや手術による治療をしていますが、常勤医は1人のため、手術で２～３人の人手がいるときは長崎大学や他の専門の先生の応援を呼んで極力五島病院で手術をおこなっています。

産婦人科入院の上位5疾患です。周産期分野では、正常分娩につきましては保険対象外であり、件数が計上されていません。DPC病棟への出生児の入院は、小児科ではなく産婦人科への新生児入院が多くを占めています。当院は、島内唯一の分娩施設ですが、麻酔科の常在施設でないため、安全性を考慮して無痛分娩はおこなっていません。呼吸器管理が必要な時期の切迫早産に対しては母体ヘリ搬送など行い、地域に母子ともに安全な周産期医療を提供できるように日々努めています。婦人科腫瘍の領域では、子宮頸部前がん病変の治療、子宮体癌の診断的検査、婦人科良性腫瘍の腹腔鏡手術が上位を占めています。それ以外にも、子宮頸癌、子宮体癌および卵巣癌の診断、抗癌剤、免疫チェックポイント阻害剤、分子標的薬治療もおこなっております。婦人科悪性腫瘍の緩和ケア導入から終末期施設へ転院調整も行っていますので、本土の病院で治療されている方でもお気軽にご相談ください。上位5疾患に入っていませんが、女性のヘルスケア（骨盤臓器脱の保存的治療・手術加療、更年期障害治療、女性アスリートへの対応）、生殖医療（不妊相談、卵管造影検査の実施）、漢方相談など幅広い分野が当院でカバーできています。当院で対応が困難な症例、例えば輸血が大量に必要な子宮悪性腫瘍手術、放射線治療などの特殊な施設が必要な場合などは本土の高次施設を紹介しています。離島にいても標準治療ができるように、長崎大学病院と連携しています。

発熱、下痢の一次診療から入院が必要な患者まで幅広くカバーしています。 また、長崎大学の専門医による専門外来、予防接種外来なども行い診療内容の充実に努めています。 この他に、１歳半健診、３歳児健診などの保健業務も行っています。 より高度な診療を行える基幹病院としてだけではなく、地域のかかりつけ医としての機能を併せ持ち、病気の子供を治療するだけに終わらず、地域の子供たちが健康に成長していくための環境作りにも積極的に関わっていきたいと考えています。

耳鼻咽喉科は「みみ」「はな」「のど」に加えて「頸部（くび）」の疾患に対して治療を行う診療科です。当院では主に中耳炎・副鼻腔炎・扁桃炎などの慢性疾患に対する治療を行います。また、耳下腺・顎下腺・甲状腺などの頸部の良性腫瘍は当院での治療が可能です。咽頭癌・喉頭癌などの悪性腫瘍は当院で精査を行い、長崎大学病院などへ治療を依頼します。

内科全体の手術患者数上位５位までの実績です。

手術は年間約300～400例で、骨折による外傷が主ですが、外傷以外にも変形性関節症のような慢性疾患に対する人工関節置換術や半月板切除、腱断裂に対する縫合術や、手根管・肘部管症候群等、多彩な手術にチームで対応しております。
　また、脊椎疾患に対して、透視や超音波を使用したブロック注射による疼痛緩和も行っていますので、気軽にご相談ください。
　週１回木曜日午前中に義肢装具の相談や調整、採型、修理の対応をしています。ただ、島外の技師と協力して対応していますので、事前に外来にお問い合わせください。
　近年の高齢化に伴い、骨折のドミノ現象（一度骨折した人が再度骨折してしまうこと）や、大腿骨近位部骨折が増加傾向です。できるだけ、生活能力が落ちないように、当院は多職種介入による二次性骨折予防管理を行っています。退院後、当院への通院が困難な場合は、かかりつけ医での治療継続もできるので、主治医へご相談ください。
　理学・作業療法士による術後や外傷後のリハビリテーションも充実しており、高いレベルの機能回復を目指します。

外科では、ヘルニア、胆石に低侵襲手術を行っています。
癌に対する内視鏡手術も導入しております。
放射線治療を含む集学的治療を大学病院とタイアップして行っています。

泌尿器科は常勤医師１名体制のため、局所麻酔や腰椎麻酔で対応可能な経尿道的手術や透析バスキュラーアクセス関連手術等が主となりますが、必要に応じて大学病院等の基幹病院へ診療応援を招聘し対応しております。

消化器内科では、結腸ポリープ切除術、総胆管結石等に対する内視鏡治療、早期胃癌に対する内視鏡的粘膜下層剥離術などの他、消化管出血に対する緊急消化管止血術など、多岐に渡る消化管疾患治療を施行しています。

循環器内科では、カテーテルによる虚血性心疾患の診断、治療、徐脈性不整脈に対するペースメーカー植込みを中心に行っています。