当院の外科は主に、消化器外科（胃、大腸、肝胆膵）、内分泌外科（乳腺、甲状腺）、胸部外科を扱っています。 脳外科や心臓血管外科は国立長崎医療センターや長崎大学との間に搬送システムができており。必要に応じて紹介しています。

手術は、年間、胃や大腸の癌などの疾患５０例前後、肝胆膵疾患が４０例前後、ヘルニア４０例前後、乳癌１０例前後です。 最近の手術の特徴としては大腸癌の手術が増えてきています。また、良性疾患としての胆石症には、手術侵襲の少ない腹腔鏡下手術が標準術式となっています。

今後も五島地区の中核病院の外科として、癌などの悪性疾患はもとより、消化管穿孔やイレウスなどの救急疾患に対する手術など、開業医の先生方との連携を深めながらさらに充実させたいと考えています。